מסחר אלגוריתמי הוא מסחר בבורסה המבוסס על תוכנת מחשב, אשר שולחת פקודות מסחר שנוצרות באמצעות אלגוריתם ממוחשב.  האלגוריתום יוזם הוראות קנייה ומכירה בהתבסס על פרמטרים של תזמון, מחיר, סחירות ועוד. הוראות אלה מועברות לביצוע ללא הפעלת שיקול דעת נוסף או התערבות אדם.